Bij de Commandeursmolen staat Maatschappelijk Verantwoord Ondernemen hoog in het vaandel. Uitgangspunt is de regionale inkoop van (voornamelijk biologische) grondstoffen (voedselkilometers) en werken -waar mogelijk- met retourvrachten. Daarnaast worden er bij de voortdurende vernieuwing en optimalisering van de molen zo veel mogelijk natuurvriendelijke bouwmaterialen gebruikt, zoals verf, voegwerk, stucwerk en isolatie.
Ook staat het energie verbruik centraal: Naast het gebruik van effectieve verlichting en beperking van ruimteverwarming tot kantine en kantoor, wordt zoveel mogelijk gewerkt met variabele aandrijvingen van machines die door hun aard een zeer hoog rendement hebben. Last but not least beschikt de molen over een eigen waterkrachtcentrale die 24/7 groene stroom produceert (goed voor ca. 50 huishoudens).