L'histoire de Commandeursmolen remonte au Moyen Âge, la première mention de son existence remontant à 1215. Cette année-là, les seigneurs de Wittem confièrent le moulin à l'Ordre de Malte. Des siècles plus tard, le moulin à grain obtint également la deuxième fonction de fabrique de papier, sous le contrôle de la famille Thielens, le fondateur de l'entreprise Koninklijke Nederlandse Papierfabriek, KNP. En 1882, Joseph Schyns, fils d'un meunier de la région belge des Fourons, reprit l'entreprise. Il fit réaménager entièrement le bâtiment comme moulin à grain et le modernisa pour organiser une production 24 heures sur 24.

Une grande opération de modernisation fut réalisée ultérieurement, à partir de 1994, sous la direction de Raoul Schyns. Dans le respect de l'histoire et de la tradition séculaire, il a effectué un grand nombre d'adaptations et de rénovations, afin que le moulin soit tourné vers l’avenir.